Eu acho que isso geralmente é um tipo de convenção de sites. Para instalações de longa duração, estou relutante em confiar na árvore $ HOME e estou mais inclinado a usar / opt mesmo que isso signifique configurar / opt // com as permissões apropriadas e possivelmente diretórios relacionados para usar como seu local padrão para dados etc. que se alinha com alguma interpretação razoável de algo que você pode apontar como link
Para mim, a maior influência em seu uso da estrutura, além de tentar não agir diretamente contra as convenções, é o uso do servidor. Você pretende substituir a imagem do servidor em diferentes ambientes ou no software / dados? Você usa sistemas de arquivos compartilhados ou exige partições específicas para otimizar o software? Você deseja incluir esses diretórios em qualquer backup, etc? Você deseja compartilhar as permissões ou dados de execução com outras contas de usuário? Você também pode querer considerar a configuração de certas variáveis de ambiente em seus logins de perfis de shell compartilhados para estender os caminhos padrão e os sinalizadores de construção comumente usados.
Espero que isso dê algum alimento para o pensamento. É claro que, se estiver na máquina local, faça o que parecer certo, mas não descarte o uso de / opt, pois essa é a árvore de diretórios negligenciada; ^)