Certamente você tem um controle mais rígido do ambiente em um sistema embarcado do que em um desktop ou servidor, e você pode provavelmente colocar seus arquivos em qualquer lugar que desejar (sujeito a restrições como evitar sistemas de arquivos somente leitura, que incorporam sistemas geralmente têm).
Dito isto, eu definitivamente evitarei /root . Esse é o diretório base e os arquivos de aplicativos que pertencem ao aplicativo, e não ao administrador do sistema, que não pertencem a ele.
Em um sistema incorporado, root provavelmente está bem. Tem a vantagem de ser óbvio para qualquer pessoa que herda o gerenciamento do sistema. /MyApplication e /usr/local estão bem também, mas eles armazenam os arquivos do seu aplicativo junto com qualquer outro software que possa estar instalado nesses diretórios (o que pode ocorrer porque não são pacotes com a distribuição do sistema operacional). Eu consideraria /opt/local como uma alternativa para /opt/MyApplication , mas não com nenhuma preferência muito strong.