Certifique-se de executar
sudo update-grub
imediatamente após você faz alterações na tabela de partições. Isso não é necessário em alguns casos, mas é sempre seguro fazê-lo.
No seu caso, é melhor fazer todas as alterações em sua nova instalação do Linux: exclua uma partição e atualize o grub.
Se você vai usar o Live CD, você precisa atualizar o grub por chroot-ing para sua nova instalação Linux (você não precisa reinstalá-lo, apenas atualizar).
Isso deve funcionar, a menos que você tenha feito alterações inseguras em seus arquivos de configuração (por exemplo, se você já fez alguma alteração em / etc / fstab, você deve verificar se todos partições são identificadas pelo UUID, não pelos seus nomes).
De qualquer forma, para estar no lado seguro, é sempre melhor ter Live CD no caso de algo dar errado. Boa sorte!