Sim, isso é possível graças ao código-fonte aberto. :)
A maneira mais fácil é editar o arquivo de origem do Apache2 para o módulo mod_autoindex que cria o html que é enviado ao cliente. Aqui está o arquivo que você precisa para editar 1 :
Existem 7 locais nesse arquivo em que uma marca de âncora é criada. Basta alterar essas tags para algo como span tags ou transformá-lo em ul e definir o texto que deseja exibir para a propriedade href da tag de âncora.
Recompile o módulo e reinstale o módulo. Existem várias maneiras de adicionar ou remover módulos do apache, e a melhor maneira depende de qual distro você está executando.
1 O arquivo atual depende da versão do Apache que você está executando e da versão em mod_autolink que você está instalando, mas esta é essencialmente a parte correta do código a ser hackeada.