Se você criar algo por meio de uma GUI, normalmente o único comando que executa é a GUI, ele não chama outros comandos que você chamaria da linha de comando.
Por exemplo se a GUI for usada para criar um diretório, ele chama a função C mkdir() , não o comando mkdir que você usaria na linha de comando ( mkdir usa mkdir() e ambos dependem de uma chamada de sistema para realmente criar o diretório no sistema de arquivos).
Você poderia tentar executar sua GUI em strace para ver o que chamadas do sistema faz, mas você precisa garantir que ela permaneça em primeiro plano.