Para anexar $ID
(com espaço) no início de cada linha, algo como
sed "s/^/$ID /"
deve funcionar (observe aspas duplas, não as únicas). Se você quiser fazer isso dentro do loop dado e redirecionar a saída para report.txt
try
for ID in {92..128}; do
sed "s/^/$ID /;3q;d" directory_$ID/stats
done > report.txt