Você pode usar awk
:
$ awk -F'|' '{sub(",","",$(NF-1))}1' OFS='|' file
140121059|01/01/201400:00:45|[1390]|[387]|17.64|10
140121060|01/01/201400:00:46|[1112]|[867]|26.46|10
140121062|01/01/201400:00:47|[182]|[13]|4117.60|10
140121065|01/01/201400:00:48|[1088]|[385]|1147.04|10
$(NF-1)
refere-se ao segundo ao último campo, apenas substituímos a vírgula neste campo.
Se você quiser remover a vírgula em todos os campos, use tr
:
$ <file tr -d ',' > out_file