O bit que você cita está dizendo que a saída de uma mensagem do sistema pode aparecer em um "console do sistema". Eu não sou uma pessoa BSD, mas o Linux pode ter esse mesmo problema. Um "console do sistema" seria um console não gráfico (ou seja, TTY1), como o local em que as mensagens de inicialização do kernel são exibidas.
Quando uma mensagem é enviada para o console a ser exibido, ela é despejada onde quer que o cursor esteja atualmente. Isso pode ser um grande aborrecimento. Considere o seguinte exemplo:
Digamos que você esteja usando o editor vi e, atualmente, o cursor está no meio da tela e você está digitando. Se uma mensagem do sistema for enviada para o console, ela será impressa exatamente onde seu cursor está. Assim, a saída da mensagem irá obscurecer parte do arquivo que você está editando atualmente, dificultando a leitura.
Geralmente, esses tipos de mensagens são enviados apenas para o console, se forem realmente importantes (por exemplo, nível syslog EMERG ou ALERT). Isso é feito para que a mensagem seja vista imediatamente. Mas, às vezes, o que alguém considera importante não é o que você considera importante e, portanto, essas mensagens podem ser um incômodo.