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alguns programas como o gnuplot aceitam um arquivo de comando, pode ser mais fácil gerar e depois passá-lo como argumento.
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alguns programas não dependem de interação, pois canalizar para stdin pode funcionar
( printf "my command\n" printf "my other command line\n" ) | theProgram and its args
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outros dependem da interação e exigem que sua entrada padrão seja um terminal, você tem que usar
expect
ou equivalente.