Você pode obter a data por meio do comando date, que permite especificar um formato de data por meio de% d,% m, etc. O Cron trata% caracteres como especiais, portanto, é necessário evitá-los. Algo como isso deve copiar seu arquivo no topo de cada hora.
0 * * * * scp -r <foldername> user@server:path/to/destination/$(date +\%d\%m\%y\%H\%M\%S)