Depende de como o software é empacotado.
- Se o seu software vier com um instalador, ele poderá permitir que você selecione onde deseja instalá-lo;
- Se você está construindo seu software a partir do código-fonte, geralmente também pode selecionar onde ele será colocado (com --prefix e DESTDIR para configure / make);
- Se você estiver instalando seu software a partir de .debs (ou seja,
apt-get), não poderá escolher isso. Eles usam/como o "caminho base".
Em relação à última instrução, note que um .deb é basicamente um arquivo compactado com uma estrutura em árvore similar à que o pacote terá quando instalado, para que você possa extraí-los e colocá-los sempre que quiser. Mas isso pode ou não funcionar bem.