Parece haver problemas com gnome-shell
em vários momentos em várias distros ( Red Hat para exemplo).
Sua melhor aposta seria procurar e arquivar um bug em Debian BTS , incluindo a saída relevante de strace
, top
, etc. Note que o Debian 6 ainda é o Estável release e o Debian 7 é Teste . Sua ajuda informando e rastreando o problema no BTS ajudará a tornar o lançamento mais estável.