Até onde eu sei, atualmente não existe uma ferramenta Linux para a fixação de partições ntfs. ntfsfix
é apenas um truque, simplesmente define a partição como "limpa", mas na verdade não a limpa.
Escrever em um sistema de arquivos corrompido põe em perigo os dados, e geralmente não confiamos no ntfs, assim tentamos evitar a corrupção adicional de dados, é por isso que essa ferramenta prefere rejeitar a exclusão.
Você precisa usar um sistema operacional diferente para corrigir a partição. Idealmente, para evitar a reinicialização do seu Linux, é útil se você usar alguma tecnologia de virtualização para isso com acesso direto à partição.