O trabalho de um contêiner é isolar / separar o que você executar nele a partir do host.
Se você deseja instalar uma solução conhecida para gerenciar o sistema que precisa manipular arquivos e serviços diretamente, essa solução não funcionará se não puder ver os arquivos e manipular os serviços; então você não instala seu webmin em um container.
Obviamente, pode haver exceções a essa regra, por exemplo, a instalação de um servidor DNS em um contêiner Docker e a instalação do webmin apenas para gerenciar o DNS.