O Synaptic salva suas configurações em ~/.synaptic/synaptic.conf
, usando o diretório inicial de qualquer usuário que o execute. O usuário geralmente tem raiz, já que é necessário que o Synaptic faça alterações, portanto, sim, as configurações geralmente são armazenadas em /root/.synaptic/synaptic.conf
(e isso é perfeitamente seguro, o diretório inicial da raiz).
Algumas configurações que afetam o Synaptic, embora não o GUI, são configurações gerais do APT, armazenadas em vários arquivos em /etc/apt
.