Usando awk
para contar o número de campos delimitados por vírgula em cada linha de entrada que estão vazios (excluindo a linha de cabeçalho):
awk -F ',' 'NR > 1 { c=0; for (i = 1; i <= NF; ++i) if ($i == "") ++c; print c }' file.csv
Isso pressupõe que nenhum campo contenha vírgulas incorporadas.
Exemplo:
$ cat file.csv
A,B,C
1,,0
all,bar,none
my,field,here
no,data,
$ awk -F ',' 'NR > 1 { c=0; for (i = 1; i <= NF; ++i) if ($i == "") ++c; print c }' file.csv
1
0
0
1
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