Se você estiver usando a versão 1.4.x do Mock, use por padrão o container systemd-nspawn que sobrescreve algum arquivo. Pelo menos, resolv.conf e pode sobrescrever os hosts também. Você pode tentar a opção --old-chroot
do Mock.
Mas se você quiser apenas sobrescrever o nome do host, você pode colocar na configuração:
config_opts['hostname'] = 'my.own.hostname'