Existem várias maneiras de fazer esse trabalho.
sed pode fazer o trabalho:
$ cat <your-file> | sed -r 's/(\w+)\s(\w+)\s(\w+)(.*)$/, , ,/'
read também pode fazer o trabalho:
$ while read c1 c2 c3 rest; do echo $c1, $c2, $c3, $rest; done < <your-file>
o awk também pode fazer o trabalho:
$ cat <your-file> | awk '{ printf "%s, %s, %s, ", $1, $2, $3; for (i = 4; i <= NF; i++) { printf "%s ", $i; } print ""}'