O manual do Geany é bem claro sobre ligação de chaves no menu de criação :
Build menu keyboard shortcuts
Keyboard shortcuts can be defined for the first two filetype menu items, the first three independent menu items, the first execute menu item and the fixed menu items. In the keybindings configuration dialog (see Keybinding preferences) these items are identified by the default labels shown in the Build Menu section above.
It is currently not possible to bind keyboard shortcuts to more than these menu items.
Na sua situação, o segundo item do menu filetype é gratuito e shortcutable . Isso faz sentido usá-lo para o tipo de arquivo Java.