Se este é o Gnome do qual estamos falando, o arquivo de sessão salvo pode estar em ~/.config/gnome-session/saved-session/
Faça o check-out e renomeie a pasta para fins de teste, em vez de excluir ...
Minha sessão do Linux foi salva de alguma forma e toda vez que eu reinicio, está restaurando a mesma sessão salva (um terminal e um programa específico).
Não consigo encontrar a configuração ou o arquivo salvo para desativá-lo.
Eu até instalei o gconf-editor e habilitei a opção para salvar minha sessão, esperando que ela sobrescrevesse quaisquer configurações antigas, mas não está funcionando.