Use expressões de limite de palavras:
sed 's/\<use module_plotting\>/use module_plotting_debug/'
Os padrões de largura zero \< e \> corresponderão aos limites das "palavras", ou seja, entre um caractere não palavra e um caractere de palavra com \< e entre um caractere de palavra e uma não palavra caractere com \> .
Um "caractere de palavra" é qualquer caractere alfanumérico (possivelmente levando em conta o local atual, não tenho certeza disso).
Meu re_format(7) manual diz que [[:<:]] e [[:>:]] devem ser mais portáteis, mas esses não parece funcionar com o GNU sed no meu sistema.