As fontes oficiais do kernel Linux incluem infraestrutura para construir diretamente um pacote Debian ou RPM para o kernel, módulos do kernel e cabeçalhos do kernel, mas os desenvolvedores upstream do kernel.org não distribuem esses pacotes por conta própria. Há um pequeno número de outros projetos (geralmente pequenos) que adotam uma abordagem semelhante. Eu diria que provavelmente se qualifica como o único exemplo do item 3 que a maioria das pessoas reconheceria (e é quase certamente o mais comum, embora a maioria das pessoas que constroem seus próprios kernels a partir de fontes upstream simplesmente pule o lidar com o gerenciador de pacotes e instale o kernel e módulos diretamente).
Ligeiramente OT, mas acho que vale a pena comentar que a maioria dos gerenciadores de pacotes não distingue as coisas diretamente dessa maneira, elas só se importam com o repositório de onde um pacote veio, ou se foi instalado manualmente como um pacote local, e Não importa se algo que você instala manualmente é construído localmente ou não (e, portanto, os casos 2, 3 e 4 acima são tratados de maneira idêntica por praticamente todos os gerenciadores de pacotes existentes).