O arquivo .lock só deve estar presente quando o Skype estiver em execução.
Você pode substituir o arquivo .db pelo Windows, mas não sei se os dados são 100% consistentes nas plataformas. Você também pode usar apenas a ferramenta de console sqlite3
para exportar do banco de dados e, em seguida, importar os dados resultantes para o arquivo main.db existente no Linux.
No entanto, tenha em atenção que poderá, de facto, interromper o Skype e poderá ter de começar de novo.