Você pode escrever scripts interessantes para configurar o Jenkins por meio do console de scripts.
Usando isso, configurei no passado trabalhos, pastas e segurança.
Você pode carregar scripts de dentro do Jenkins ou empurrá-los via HTTP ou CLI
Para esclarecer:
Crie um script interessante para configurar as tarefas.
Inclua-o na configuração do docker.
Faça com que o docker execute o script para criar as tarefas na implantação do contêiner.