A sintaxe correta é
rsync -a —exclude-from='exclude-list.txt' source/ destination/
Observe o = entre a opção e o nome do arquivo.
Além disso, a opção --archive ( -a ) implica em -r , portanto, -r não é necessário.
Também removi * de source/* . O comando acima copiará todos os arquivos e diretórios em ou abaixo de source a destination (incluindo nomes ocultos), exceto os itens que correspondem aos padrões no arquivo de exclusão.