Cada barramento USB tem uma certa largura de banda de transporte e, se você maximizar essa largura de banda, dois dispositivos no mesmo barramento terão que compartilhá-los, tornando cada um deles mais lento, enquanto dois dispositivos em diferentes barramentos com controladores root separados Não tenho que compartilhá-lo.
Então a resposta é: depende.
Você já usou os dois HDs ao mesmo tempo? Qual é a velocidade máxima de E / S dos HDDs? Que tipo de barramento USB é isso?