Você pode filtrar as linhas comentadas antes de comparar os arquivos:
diff -u -w <(grep -v '^[[:space:]]*#' /etc/cups/cups-files.conf.pacnew) <(grep -v '^[[:space:]]*#' /etc/cups/cups-files.conf)
Dessa forma, diff
só verá linhas não comentadas e só as comparará.