Como eu sei, o Centos não remove arquivos modificados (mas eu não tenho 100% de certeza) debian fez isso (por esse motivo o apt pode usar a remoção para removê-los). Então você deve fazer isso (eu não quero responsabilidade se você perder o arquivo .. melhor backup do disco inteiro primeiro)
Primeiro backup de arquivos
tar -cvf backup.tar.gz /etc/httpd /var/www/html
Em seguida, remova
yum remove httpd
Se você remover arquivos de que precisa, poderá recuperar-se facilmente do backup