Você precisará criar um arquivo xmind.desktop . Procure uma amostra em /usr/share/applications e copie uma para ~/.local/share/applications/xmind.desktop e altere as linhas apropriadas. As linhas mais importantes serão:
Name=
Exec=
GenericName=
Categories=
Icon=
Comment=
Terminal=false
O categories deve ser uma lista delimitada por ponto-e-vírgula das categorias de menu nas quais você deseja que o programa apareça. O exec deve apontar o caminho completo do executável. O genericname será o nome que realmente aparece no menu. O comment é o que aparece quando você passa o mouse sobre a entrada do menu. O icon pode ser um nome de ícone se o ícone estiver em um diretório de ícones padrão ou em um caminho.