Eu recomendaria a leitura no sistema de arquivos Unix .
O diretório /var/ contém arquivos que mudam com freqüência. O diretório /etc/ contém configurações que normalmente não crescem muito. o diretório /usr/ contém arquivos do SO que não mudam muito fora das atualizações do sistema. Se você tiver aplicativos de terceiros sendo executados em /srv/ ou /opt/ , esses diretórios poderão crescer.