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Eu acredito que ambas as opções estão bem. O primeiro usará os drivers binários, que têm melhor desempenho, mas não são de código aberto.
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Verifique esta página para ver como testar se a página WebGL do aquário oferece melhor desempenho: link
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Sim. CUDA e Optimus são independentes. Se o seu cartão tiver núcleos CUDA e você tiver as bibliotecas CUDA instaladas, você poderá usá-las quando o cartão for ligado, independentemente dos drivers que você usa.
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A NVIDIA fornece drivers binários, mas eles não gastam tantos recursos neles quanto em seus mercados maiores: Microsoft, Android e OSX. Quanto maior o mercado, melhor o suporte.