No seu log DNF, o problema inicial é o espaço em disco:
Error Summary
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Disk Requirements:
At least 2459MB more space needed on the / filesystem.
e depois a partir de hoje:
Error Summary
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Disk Requirements:
At least 359MB more space needed on the / filesystem.
que está mais perto. :) Então eu acho que possivelmente houve uma atualização parcial para 25 a 26 em algum lugar lá que explodiu por razões desconhecidas, e agora os problemas restantes estão lidando com duplicatas a partir disso.