Existem muitas maneiras possíveis de alcançar o que você deseja.
Um método possível seria usar rsync para fazer backup da conexão SSH que você já estabeleceu. Os princípios básicos do uso do rsync para backup são abordados na página de documentação do Ubuntu, aqui: rsync .
Para executar o backup a cada hora, você pode criar uma entrada crontab , conforme detalhado aqui: CronHowto
Se você precisar de um backup incremental, também poderá explorar usando a opção --link-dest=DIR com rsync para apontar para o local do diretório de backup anterior e fazer o backup de cada hora em um novo diretório. Mais detalhes podem ser encontrados na página do manual rsync .