Também notei isso em abril de 2016, minha solução alternativa é usar duas chaves para alternar, por exemplo:
wmctrl -r :ACTIVE: -b add,above
wmctrl -r :ACTIVE: -b remove,above
Este não é um grande problema, mas um pouco irritante e, acima de tudo, intrigante. Eu corro uma máquina estável do Debian 9 com o Xfce 4.12 por um tempo, e estou montando uma área de trabalho GNOME em paralelo para testá-la.
No Xfce eu tenho um atalho de teclado personalizado wmctrl -r :ACTIVE: -b toggle,above
que tem funcionado para sempre alternar janelas focadas no topo e no mesmo nível que outras.
Eu tentei o mesmo no GNOME 3.22 em Configurações do Sistema / Teclado, só posso alternar a janela focada em cima de outras, não a alterna para o mesmo nível de outras janelas. Eu preciso clicar com o botão direito do mouse no quadro da janela e desmarcar a opção "Sempre visível".
Alguém tem alguma ideia de por que isso pode acontecer?
Também notei isso em abril de 2016, minha solução alternativa é usar duas chaves para alternar, por exemplo:
wmctrl -r :ACTIVE: -b add,above
wmctrl -r :ACTIVE: -b remove,above
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