O botão "Excluir arquivos em pacote em cache" exclui os pacotes armazenados no cache de pacotes do sistema ( Dir::Cache::archives e seu subdiretório partial , normalmente /var/lib/apt/cache ). Estes não são necessários para o uso normal do sistema, eles são úteis apenas se você precisar reinstalar um pacote - eles salvam um download ou, nos casos em que um pacote foi removido dos repositórios, permitem a reinstalação que de outro modo não seria possível.
(eu uso apt-get autoclean juntamente com APT::Clean-Installed definido como false para aparar o cache do meu pacote enquanto ainda garanto que posso reinstalar os pacotes; apt-get autoclean corresponde ao "Somente excluir pacotes que não estão mais disponíveis" configuração no Synaptic.)
Os arquivos de histórico são usados no navegador Histórico no menu Arquivo. Eles não são necessários para mais nada.