O pacote libglib2.0-dev está provavelmente desatualizado. Ele fornece o arquivo /usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/gmodule-2.0.pc em que a versão é 2.48.2 e não atende ao requisito de vala-panel build. Sugiro que atualize libglib2.0-dev pelo pacote de backport da versão mais recente ou manualmente.