Não tenho 100% de certeza de que entendi sua pergunta, mas você pode usar o wget com o sinalizador -c para continuar baixando um arquivo parcial:
No terminal:
wget -c http://file-to-download
Como alternativa, você pode usar um gerenciador de downloads como o uGet ou o FreeDownloadManager para fazer o download dos arquivos de maneira resistente a desistências da Internet.