Esta questão é como o que é uma distribuição?
A distribuição adapta e integra os pacotes na distribuição geral, por ex. PATH, manuais, scripts de inicialização, logs, cronjob, firewall, etc. Além disso, eles configuram o pacote a ser usado e integrado a outros pacotes específicos (que são a versão da biblioteca de criptografia, qual gerador aleatório usar, etc.). Eles também se adaptam ao arquivo de configuração padrão.
Portanto, há muitas alterações nos binários de distribuição. Além disso, existem testes.
O upstream fornece as fontes e funcionalidades, e você pode pegar as fontes originais e compilar a si mesmo. Mas do que você precisa entender (e ler todo o documento original sobre como compilar e como instalar o programa). O patch do Linux deve ser aplicado nas fontes originais.
Se você conhece alguma programação, você pode baixar as fontes de sua distribuição e aplicar o patch, e construir e instalar os pacotes modificados. Lembre-se de modificar o changelog ou o comando build, para ter um sufixo da versão local, para ver se você tem a versão original ou uma versão com patch.
O código aberto tem a força para poder usar também esse método. Mas eu não faria isso pela primeira vez em programas importantes.