Ok, então depois de ver o comentário deixado por @ B-Layer eu criei uma função bash simples para substituir o alias que eu estava usando que me permite ter o meu bolo e comê-lo!
A função:
function vim()
{
cmd="exec /usr/local/bin/vim $@"
rbenv only -r $GLOBAL_RUB_VERSION -c "$cmd";
}
Agora ele me permite começar o vim usando o rbenv, então ele sempre começa com a mesma versão do ruby que o vim foi compilado. Agora (o motivo dessa música e dança) YouCompleteMe nunca vai reclamar / falhar porque eu mudei as versões ruby.