A solução da HostFission é boa, mas se você não quiser verificar se o programa está rodando, você pode matá-lo e iniciá-lo assim:
Crie um arquivo bash com qualquer nome nele (como: restart.sh) e digite:
#/bin/bash
/usr/bin/screen -S -X NameOfTheScreen quit;
/usr/bin/screen -S NameOfTheScreen /path/to/startscript;
Então você pode configurar o crontab para executar este arquivo quantas vezes quiser durante o dia.
crontab -e
* 3,6,9,12,15,18,21,0 * * * /path/to/restart.sh >> /path/to/logfile