Apenas ALSA, sem pulseaudio: Não há "volume de som do sistema", tudo o que você pode fazer é definir o volume de hardware que se aplica a todos os sons. Primeiro, encontre a placa correta com aplay -l . Digamos que você esteja usando o cartão 2. Então,
amixer -c2 set Master 100%
definirá o volume do hardware mestre como 100%. Você também pode aumentá-lo ou diminuí-lo:
amixer -c2 set Master 2%+
amixer -c2 set Master 2%+
Se você estiver executando o Pulseaudio (muito provavelmente se você tiver "sons do sistema"): Você pode definir o volume para "sumidouros" (algo que corresponde a um conjunto de alto-falantes, aproximadamente o mesmo volume do ALSA Master) ou para aplicativos (confusamente, esses são descritos como "entradas de coletor" para controle de volume).
No entanto, os sons do sistema são muito curtos, então o volume padrão para aqueles vem de uma entrada de banco de dados chamada sink-input-by-media-role:event no banco de dados de fluxo, que está em ~/.pulse/*-stream.tdb em meu sistema Debian. Este é um formato de "base de dados trivial" e tdbtool do Samba pode ser usado para manipulá-lo a partir da linha de comando. No entanto, o conteúdo da chave é em binário (18 bytes), então o próximo passo seria descobrir o formato (adivinhar ou ler pavucontrol source), o que eu não fiz. Então você pode usar algo parecido com
tdbtool ~/.pulse/*-stream.tdb store sink-input-by-media-role:event binary_data
para alterá-lo.