Dentro da sua configuração de mutt para a conta (A ou B), você usa:
set sendmail="/usr/local/bin/msmtp -a [account]
que informa ao msmtp quais parâmetros da conta usar em .msmtprc. Na minha configuração msmtp, Eu especificamente definir o padrão para ser nd que força a conta a ser definido no mutt.