Este é um bug no Flash Player.
As teclas de volume no seu teclado são manipuladas pelo gnome-settings-daemon, que usa uma captura passiva nas teclas de volume. A maneira como o X funciona significa que um aplicativo precisa ter foco para receber eventos de pressionamento de tecla, portanto, o que acontece quando você pressiona as teclas de volume é que a janela do flash player vê um evento FocusOut enquanto o foco é movido temporariamente para gnome-settings- daemon.
No entanto, o evento FocusOut tem o modo definido como NotifyGrab, e o flash player deve estar ignorando esse evento (ele só deve responder quando o modo estiver definido como NotifyNormal, o que aconteceria se você realmente focasse outra janela).
Espero que ajude a explicar um pouco.