{
echo ' LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %s> %b \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\" combined"'
echo ' LogFormat "%h %l %u %t \"%r\" %>s %b common"'
} >> file.conf
Como você não está fazendo nenhuma interpolação de aspas duplas, então é mais fácil mover sua string de eco dentro de aspas simples '...' para simplificar as citações.