Você não pode fazer isso com links simbólicos. Além do fato de que referir-se ao diretório home com um til é um recurso shell, e não suportado por todos os programas (embora muitos o façam), todo o conceito de um "diretório home" é um conceito de espaço do usuário, e doesn ' t existe no kernel. Portanto, a camada do sistema de arquivos do kernel, que resolve os links simbólicos, não possui o conhecimento necessário.
No Linux, você poderia manipular algo com namespaces de montagem e montar montagens, se você realmente quisesse. (veja aqui , aqui e aqui )
Em qualquer caso, a idéia de criar links em um repositório git que aponta para fora do repositório em si parece um pouco estranho para mim. O uso dos links será possível somente para aqueles que estão em conformidade com o sistema definido pelos links, e um único usuário que deseja / precisa de um layout diferente, está um pouco sem sorte. Você pode querer considerar o uso, digamos, de variáveis de ambiente para armazenar os locais dos arquivos dos usuários. Diga com $ARDUINO
apontando para /home/foo/GitHub/arduino-1.8.1
ou /home/foo/GitHub/arduino-someotherversion
conforme o usuário exigir.