As únicas senhas envolvidas serão a senha da conta de usuário que você usa para fazer login e upload de arquivos, etc. e depois duas senhas mysql, uma para o usuário root (DIFERENTE do usuário root do Linux) e uma para qualquer usuário que você conectar para o banco de dados mysql como.
Note que você pode configurar um usuário "www-data" no mysql sem senha e somente permitir que ele se conecte a partir do localhost, e o Apache / PHP usará isso por padrão SE você não fornecer nenhuma outra informação.