Cada canal tem sua própria cor padrão e os canais sobrepostos combinam cores, mas há várias opções para lidar com isso.
Escolha as cores do canal
showwaves=s=1280x720:mode=line:colors=white
Dividaoscanais
showwaves=s=1280x720:mode=line:colors=white:split_channels=1
Façaumaformadeondamono
aformat=channel_layouts=mono,showwaves=s=1280x720:mode=line:colors=white
Vejatambém
Documentação do filtro FFmpeg: showwaves
Use a expansão de parâmetro em vez de basename
Substitua "$(basename "${i/.mp3}").mkv"
por "${i%.mp3}.mkv"
por um processo a menos.