Problema encontrado:
Foi um problema RAID idiota (fakeRAID) que foi quebrado de alguma forma, por isso estava apresentando dois discos no fdisk do Linux e o grub encontrado em ambos os discos.
A solução foi quando você usa o fakeRAID, em seguida, você precisa do módulo especial do kernel do driver e também precisa desabilitar AHCI
module ao instalar o linux, então eu adicionei blacklist=ahci
no arquivo de kickstart do PXE e ele corrigiu todos os problemas.