Você pode ter diferentes serviços da Web (ou, o que importa, qualquer tipo de) no mesmo host, mas eles precisam ser executados em portas diferentes. Portanto, se você executar o Tomcat no TCP 443, não poderá executar o Jenkins na mesma porta.
Se o seu objetivo é usar principalmente o Jenkins, você deve configurar o Tomcat para usar outra porta, seja 8080 para HTTP ou 8443 para HTTPS.