Se você estiver usando um kernel do Ubuntu, o CONFIG_NETFILTER já está ativado para você.
A configuração do kernel é apenas para compilar o kernel, nenhum outro motivo.
grep CONFIG_NETFILTER= /boot/*config*
Você deve saber se o seu kernel está habilitado ou não. Se você ver isso:
CONFIG_NETFILTER=y
Está ativado, se você ver isso:
# CONFIG_NETFILTER is not set
Ou nada, CONFIG_NETFILTER não está ativado e a única maneira de ativá-lo é recompilar novamente seu kernel:
apt install build-essential libqt4-dev libncurses5-dev git tmux bc libncurses5 libncurses5-dev
git clone --depth 1 git://git.kernel.org/pub/scm/linux/kernel/git/stable/linux-stable.git
cd linux
make menuconfig # this bit lets you enable the stuff you want.
make
make modules_install
cp zImage /boot/
isto assume um sistema similar ao Debian que possui suporte mainline.